Do grobu bł. ks. Jerzego przybywają liczne grupy pielgrzymów z Polski i z całego świata. Ich modlitwa staje się źródłem nawróceń, duchowych przemian, moralnej odnowy – doświadczeń i przeżyć obecności Boga w ich życiu.

Od marca 1985 r. do kwietnia 2010 r. grób bł. ks. Jerzego Popiełuszki nawiedziło ponad 18 milionów pielgrzymów, a wśród nich 3 373 336 grup zorganizowanych oraz 301 500 cudzoziemców z ponad 134 państw świata.
Muzeum bł. ks. Jerzego Popiełuszki, powstałe w 2004 r., zwiedziło ponad 400 tysięcy pielgrzymów z całego świata.

Do grobu bł. ks. Popiełuszki pielgrzymują biskupi, kapłani, prezydenci i premierzy państw. 14 czerwca 1987 r. przybył tu też Ojciec Święty Jan Paweł II. W bramie świątyni powitał Go ks. prałat Teofil Bogucki.
Ojciec Święty modlił się w kościele, a następnie udał się do grobu ks. Jerzego, na którym złożył kwiaty. Tu pogrążył się w modlitwie obejmując dłońmi granitowy krzyż, który z miłością ucałował. Jan Paweł II spotkał się także z rodziną żoliborskiego Kapłana-Męczennika oraz pobłogosławił dzwon „Jerzy”.
Pamiątką tej szczególnej pielgrzymki jest papieski wpis do księgi pamiątkowej.

Modlitewny hołd bł. ks. Jerzemu złożyli kardynałowie i biskupi z całego świata, m. in. z: Anglii, Austrii, Białorusi, Brazylii, Czech, Chile, Filipin, Francji, Meksyku, Niemiec, Rwandy, USA, Zairu, a także najwyżsi dostojnicy kościelni z Watykanu – przewodniczący kongregacji i komisji papieskich. Byli wśród nich:
Prymas Anglii i Walii kard. George Basil Hume,
Prymas Filipin kard. Jaime Sin,
Prymas Meksyku abp Ernesto Couripio Ahumada,
Prymas Czech kard. Miroslav Vlk,
przewodniczący Konferencji Episkopatu Niemiec – kard. Karl Lehmann,
Metropolita Paryża kard. Jean-Marie Lustiger,
abp Ruben Hector di Monte z Argentyny,
Metropolita Wilna kard. Audrys Juozas Baczkis,
kard. Joseph Ratzinger – obecny papież Benedykt XVI,
kard. Jorge Maria Mejia z Argentyny,
ks. prałat Sandro Corradini – promotor wiary w Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych,
Metropolita Wiednia kard. Christoph Schönborn – przewodniczący Episkopatu Austrii,
Metropolita Rygi kard. Janis Pujats,
abp Angelo Comastri z Loreto,
abp Sean Brady z Irlandii,
abp Leonardo Sandri z Sekretariatu Stanu w Watykanie,
abp Angelo Amato – prefekt Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych,
kard. William Levada – prefekt Kongregacji Nauki Wiary.
Przybyła tu także Kathryn Hauwa Hoomkwap z Nigerii – członek Papieskiej Rady Rodziny.

W Roku Jubileuszowym 2000, po zakończeniu obrad Konferencji Episkopatu Polski, przy grobie ks. Jerzego zgromadzili się polscy biskupi i kardynałowie.
Co roku spotykają się w tym miejscu na wspólnej modlitwie kapłani, którzy razem z bł. ks. Jerzym odbywali służbę wojskową w Bartoszycach. W dniu imienin Błogosławionego przy jego grobie gromadzą się natomiast klerycy Warszawskiego Metropolitalnego Seminarium Duchownego.

Wielu dostojników państwowych – polskich i zagranicznych – oddało hołd ks. Jerzemu nawiedzając Jego grób. Byli wśród nich:
prezydent Lech Kaczyński,
Ryszard Kaczorowski – były prezydent Rzeczypospolitej Polskiej na Uchodźstwie,
prezydent Lech Wałęsa,
premierzy Rzeczypospolitej Polskiej: Jan Olszewski, Jerzy Buzek i Jarosław Kaczyński,
przewodniczący NSZZ „Solidarność” Marian Krzaklewski oraz Janusz Śniadek,
a także:
prezydent USA George Bush,
premier Wielkiej Brytanii Margaret Thatcher,
książę Luksemburga Jan Wielki,
prezydent Czechosłowacji, a następnie Czeskiej Republiki Vaclav Havel,
prezydent Bułgarii Żeliu Żelew,
prezydent Łotwy Anatolijs Gorbunovs,
wicekanclerz Republiki Federalnej Niemiec Hans-Dietrich Genscher,
kanclerz Austrii Alois Mock,
były premier Włoch Giulio Andreotti,
senator USA Edward Kennedy,
premier Węgier Victor Orban,
prezydent Rumunii Emil Constantinescu
zastępca sekretarza Generalnego ONZ Anna Kajamulo Tibaijuka,
prezydent Gruzji Micheil Saakaszwili,
brytyjski następca tronu książę Karol Windsor.