Proboszcz parafii od czerwca 1998 roku. Odszedł do domu Pana 7 sierpnia 2010 roku.

Urodzony 21 września 1948 roku na Podlasiu. Święcenia kapłańskie otrzymał z rąk Jego Eminencji Stefana Kardynała Wyszyńskiego 15 czerwca 1975 r. Wikariusz w parafiach: p.w. św. Wojciecha w Wiązownie (1975 – 1979), p. w. Matki Bożej Różańcowej w Warszawie (Bródno). Przez czternaście lat (1984 – 1998) duszpasterz akademicki, rektor Kościoła Akademickiego św. Anny w Warszawie, przez dwanaście lat (1986 – 1998) kierownik Warszawskiej Akademickiej Pielgrzymki Metropolitalnej (dawniej – Diecezjalnej); twórca Drogi Krzyżowej ulicami warszawskiej Starówki w Wielki Piątek; założyciel fundacji: „PRO BONO”, „BONUM” oraz fundacji im. Księdza Jerzego Popiełuszki. Współfundator Fundacji Academia Iuris. Przez wiele lat sekretarz Komisji Episkopatu ds. Duszpasterstwa Akademickiego.

Twórca programów duchowych Warszawskiej Akademickiej Pielgrzymki Metropolitalnej wydawanych w formie oddzielnych publikacji: „Ku dojrzałej wierze” (z ks. Ryszardem Moniem, 1991), „Kościół znakiem Chrystusa” (z ks. Januszem Strojnym, 1992), „Być chrześcijaninem” (z ks. Ryszardem Moniem, 1995), „Być człowiekiem sumienia” (1996), „Być z Chrystusem” (1997), „Żyć z Duchem Świętym” (z ks. Ryszardem Moniem, 1998).

Autor książki autobiograficznej „Na służbie u św. Anny” (1998). Redaktor naczelny pracy zbiorowej: „Ku Jasnej Górze z WAPM. O Warszawskiej Akademickiej Pielgrzymce Metropolitalnej” (1998).

W ciągu dwunastu lat sprawowania funkcji proboszcza parafii św. Stanisława Kostki ks. Zygmunt Malacki przebudował prezbiterium świątyni, czyniąc je bardziej funkcjonalnym, zakończył budowę Domu Pielgrzyma „Amicus” im. Bł. Ks. Jerzego Popiełuszki. Wraz z zespołem współpracowników stworzył Muzeum Sługi Bożego, a dziś Błogosławionego ks. Jerzego Popiełuszki.

W latach 2006 – 2009 przeprowadził remont świątyni, w tym także renowację obrazów oraz kapitalny remont organów. Z jego inicjatywy na kościelnej wieży zainstalowano nowy zegar z kurantem. Ksiądz prałat Zygmunt Malacki zmodernizował i rozbudował zabudowania plebanii, w trosce o jej większą funkcjonalność. Uporządkował teren wokół kościoła przeprowadzając renowację ogrodzenia i kładąc nowy chodnik. W 2010 roku, w związku z beatyfikacją ks. Jerzego Popiełuszki, dokonał ostatnich prac modernizacyjnych w prezbiterium, nadając mu ostateczną, skończoną formę. Równocześnie rozpoczął remont dolnego kościoła. Niestety nie doczekał jego końca.

Był duszpasterzem rajców i środowiska ludzi pracy. Piastował również godność Dziekana Dekanatu Żoliborskiego.

Całym sercem zaangażował się w proces beatyfikacyjny bł. ks. Jerzego Popiełuszki. Był wielkim propagatorem kultu Błogosławionego Kapłana-Męczennika oraz inicjatorem comiesięcznych Mszy św. z nowenną do bł. ks. Jerzego, które odprawiane są w naszym kościele każdego 19. dnia miesiąca.

Najszczęśliwszy był w górach. Uwielbiał tatrzańskie szlaki. Zorganizował i prowadził w Tatrach kilkadziesiąt obozów dla młodzieży licealnej i studentów. Wraz ze swoimi wychowankami postawił krzyż papieski na Przysłopie Miętusim w Tatrach Zachodnich (w rejonie Doliny Kościeliskiej).

W ramach pracy duszpasterskiej w parafii prowadził:

• Akcję Katolicką
• Spotkania z rodzicami dzieci przystępujących do pierwszej Komunii Św.
• Służby czuwające przy grobie Ks. Jerzego
• Duszpasterstwo Ludzi Pracy
• Duszpasterstwo Rajców
• Wspólnotę Rodzin