Lata po zakończeniu wojny to czas utrwalania władzy partii komunistycznej wspomaganej przez potężny aparat przemocy. Ks. Jerzy Popiełuszko urodził się w roku 1947 - roku, w którym zlikwidowano legalną opozycję i w pełni już kontrolowano życie polityczne, społeczne i gospodarcze. Życie ks. Jerzego przebiegało w cieniu PRL. Dlatego, pierwsza sala muzeum przypomina najważniejsze wydarzenia z historii Polski lat 1944 - 1989. Opowiada o tym, jak Polacy - wspierani przez Kościół - zmagali się z państwem totalitarnym w obronie wiary, wolności, godności człowieka i narodu. W historii ks. Jerzego Popiełuszki nastąpiło wyjątkowe spotęgowanie konfliktu między społeczeństwem a państwem komunistycznym, między Dobrem a Złem.