Lata po zakończeniu wojny to czas utrwalania władzy partii komunistycznej wspomaganej przez potężny aparat przemocy.

Ks. Jerzy Popiełuszko urodził się w roku 1947 – roku, w którym zlikwidowano legalną opozycję i w pełni już kontrolowano życie polityczne, społeczne i gospodarcze. Życie ks. Jerzego przebiegało w cieniu PRL. Dlatego, pierwsza sala muzeum przypomina najważniejsze wydarzenia z historii Polski lat 1944 – 1989. Opowiada o tym, jak Polacy – wspierani przez Kościół – zmagali się z państwem totalitarnym w obronie wiary, wolności, godności człowieka i narodu.

W historii ks. Jerzego Popiełuszki nastąpiło wyjątkowe spotęgowanie konfliktu między społeczeństwem a państwem komunistycznym, między Dobrem a Złem.